Pour développer un concept véritablement modulaire, la transmission du nouvel Explorer est issue d'une boîte de vitesses à 5 rapports. Il est toutefois possible d'ajouter 2 ou 3 gammes Powershift, ainsi qu'un inverseur mécanique ou le Powershuttle hydraulique à réactivité réglable. De plus, le système « Stop&Go » permet au conducteur d'effectuer des manœuvres précises avec les seules pédales de frein, sans utiliser l'embrayage principal.
Toutes les versions de transmission sont également disponibles, en option, avec les gammes de mini-réducteur et réducteur pour atteindre jusqu'à 60+60 vitesses. Pour la transmission HML, la fonction Automatic PowerShift (APS) est désormais également disponible. Les autres caractéristiques communes sont les différentiels avant et arrière, la traction avant à engagement électrohydraulique et les freins multidisque sur les 4 roues.